Adolfo Nicolás Pachón va néixer a Villamuriel del Cerrato (Palència) el 29 d’abril de 1936. És el tercer de quatre germans. El seu pare, militar, és destinat a Barcelona, on Adolfo Nicolás viu dels quatre als tretze anys. El 1946 Adolfo assisteix al primer curs de batxillerat a l’Institut Jaume Balmes de Barcelona. Després va estudiar fins l’any 1949 al col·legi La Salle de Gràcia, i finalment va cursar el quart de batxillerat a l’Escola apostòlica sant Josep de Roquetes, a la província de Tarragona. L’any 1950, un nou destí familiar el porta cap a Madrid, on va ser alumne del col·legi jesuïta d’Areneros (Col·legi de la Immaculada i Sant Pere Claver).

Va entrar a la Companyia de Jesús el 15 de setembre de 1953, al noviciat d’Aranjuez. La seva formació va tenir lloc a Aranjuez, el Japó i Roma. El 1964 arribà a Tòquio (Japó) per a estudiar-hi teologia. Allà va ser ordenat prevere el 17 de març de 1967 i va fer els últims vots a la Companyia el 5 d’octubre de 1976.

Entre 1968 i 1971 estudià semiologia a la Gregoriana de Roma, camp en el qual és un especialista. A partir de 1971 comença a exercir com a professor de teologia a la Universitat Sofia de Tòquio, tasca que continuarà fins al 2002.

De 1978 a 1984 dirigeix l’Institut Pastoral de Manila, a les Filipines. Aquesta entitat es va crear després del Concili Vaticà II per a posar en pràctica l’anomenat aggiornamento impulsat pel Concili. L’Institut va ser llavor de renovació a tot Àsia, on tingué una gran influència. S’hi van formar mestres de novicis i bisbes asiàtics.

Fou provincial del Japó des de 1993 fins a 1999, i va participar en la Congregació General 34 (1995) de la Companyia de Jesús.

Després d’anys d’ocupar diversos càrrecs de govern, en acabar el seu mandat com a provincial, l’any 2000, va decidir fer una tasca amb una més gran orientació social i passà a treballar durant quatre anys en una parròquia de Tòquio, amb població immigrant i en condicions socials i econòmiques precàries. En aquesta etapa ajuda milers d’immigrants filipins i asiàtics, fent experiència en primera persona del sofriment dels pobres i podent dedicar-se a un dels camps que ha assenyalat com a prioritari: el compromís amb els més desfavorits i la promoció de la justícia.

El 2004 és nomenat moderador de la Conferència de Provincials d’Àsia Oriental i Oceania, càrrec pel qual es trasllada a les Filipines. Es converteix en responsable de tota la regió jesuïta d’Àsia Meridional, que va des de Myanmar (Birmània) a Timor Est, incloent-hi la nova província de Xina. Durant aquests anys dóna suport a la presència jesuïta al Vietnam i altres països de la zona.
L’any 2008 viatja a Roma per participar en la Congregació General 35 de la Companyia de Jesús, en la preparació de la qual ja ha treballat a fons. El 19 de gener és escollit com a superior general de la Companyia de Jesús, per substituir el P. Peter-Hans Kolvenbach, que presentà la renúncia al càrrec per la seva avançada edat. Nicolás es convertia, d’aquesta manera, en el vint-i-novè successor de sant Ignasi de Loiola i en el setè general de la Companyia de Jesús de nacionalitat espanyola.

La seva personalitat ha quedat forjada, com ell mateix ha reconegut, per la seva trajectòria de més de quaranta anys a Orient: el contacte amb la cultura i les religions orientals l’han portat a ser un home ecumènic, molt compromès amb el diàleg interreligiós i el diàleg entre cultures. També ha estat present i ha posat en pràctica, en tots els càrrecs que ha assumit, el seu compromís amb els més desfavorits, prioritat que va expressar en la primera homilia com a superior general dels Jesuïtes, situant els pobres, els marginats i exclosos al centre de l’atenció de la Companyia de Jesús.

Parla espanyol, japonès, anglès, francès, italià i català.